空间分辩基因表达谱供给调查安排装备和细胞间沟通的见地。但是,根据测序的空间转录组学测序数据作为严厉解说细胞状况的参阅,大多数不触及相关的安排学图画,也无法揣度多个安排的一起附近区域。
研讨小组展现了Starfysh,一个以深度生成模型为主题的核算东西,该模型结合了原型剖析和任何已知的细胞类型符号,以表征已知或新的安排特异性细胞状况,而无需单细胞参阅。Starfysh用安排学图画改进了杂乱安排的空间动力学特征,并使作为跨安排空间纽带的生态位作比较。对原发性雌激素受体(ER)阳性乳腺癌、三阴性乳腺癌(TNBC)和转移性乳腺癌(MBC)安排的归纳剖析,确认了具有患者和疾病特异性细胞类型组成的空间纽带,并提醒了在侵润性MBC中构成免疫抑制中心的代谢重编程。
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